Shadow of the Tomb Raider está situado dos meses después de los eventos de Rise of the Tomb Raider. Sigue la historia de Lara Croft mientras se aventura por Mesoamérica y Sudamérica a la legendaria ciudad de Paititi, luchando contra la organización paramilitar La Trinidad y trabajando por detener un apocalipsis maya que ha desatado. Lara debe atravesar el entorno y combatir enemigos con armas de fuego y sigilo mientras explora centros semi abiertos. En estos centros, puede atacar tumbas desafiantes para desbloquear nuevas recompensas, completar misiones secundarias y buscar recursos que puedan utilizarse para crear materiales útiles.